假如發覺在注射用水設備的內部發生了污染，該設備應開展深層消毒殺菌。深層消毒殺菌常常選用熾熱的清潔蒸氣。當設備排水管道后，清潔蒸氣被引入此設備。蒸氣灌滿循環系統，把環境溫度增強并保持在121℃的理想化水準。這時底點和排出點所有開啟，氣阱裝上，以確保系統里建立的凝結水所有被清除，1小時后，再度把注射用水再度引入循環系統管道設備。

  供熱滅菌處理實際操作簡單。逐漸1個滅菌處理周期時間，運行循環系統主管上的蒸氣換熱器，冷卻循環水被加溫到約八十五℃，通常保持此環境溫度1小時，隨后運用冷卻循環水換熱器開展應用。在管道上的溫度感應器能監測和紀錄滅菌處理工作明確進行，因此這個環節是可以被cGMP所驗證的。大中型設備所需較高的發熱量，即使管道有隔熱層，加溫和應用的時間段也會較為長；為了更好地保障員工不受損害，隔熱層也是必不可少的。