一般來說，醫用純水分配系統要求純水用作這種衛生清潔的物品其存儲、分配、輸送系統的制定與應用均應按衛生級產品的基準開展。

純水分配系統在全部純水存儲、輸送系統里面應用的泵、閥、管路、管接件均應選取衛生型，接口方式也應當為卡式快開型。純水分配系統中不可存有盲區、存水區，與純水觸及的零部件的內層平均粗糙度Ra≤0.4μm。

純水應重復利用，回路中不可以組裝中間貯罐，避免細小微生物滋生。使用時途中如要對純水熱處理或降溫時，宜選用雙管板換熱器，盡可能組裝在挨近應用點處。為了避免純水貯罐、管路及過濾裝置膜表層細小微生物的滋生，在純水輸送分配系統中應組裝臭氧發生器及紫外線消毒設備，對純水消毒殺菌，并開展監測，保證純水在分配輸送途中滿足GMP標準要求。

在純水分配輸送系統里加設氣水混合器，把由臭氧（O3）發生器造成的臭氧經混合器與純水融合均勻，在分配系統中重復運轉，借助臭氧（O3）對純水開展消毒殺菌，與此同時溶解于純水里的輕微臭氧（O3）在重復使用中又將管路的內壁、閥、管接件等開展消毒殺菌，高效地阻攔系統內部細小微生物的滋生。